両生・は虫類
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富士山には表流水が少ないこと、静岡県側には湖沼などの水辺が少ないことから、記録されている種類もモリアオガエルなど７種類の両生類と５種類のは虫類にとどまります。
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淡水魚
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柿田川にみられるアユは、狩野川から入ったものです。一年を通して水温に変化が少ないため、産卵後にそのまま一生を終えるはずのアユが、ぬるい湧き水にとどまって年を越えている様子が見られます。
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昆虫類
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標高700〜1,600mの落葉広葉樹林帯は、富士山でもっとも昆虫類の多い地域です。フジミドリシジミ、メスアカミドリシジミ、ヒメキマダラヒカゲなどの森林性蝶類が見られ、夏にはコエゾゼミの声も聞かれます。朝霧高原や東富士、北富士両演習場の一部の広大な草原には、ヒメシロチョウ、ヒメシジミ、ゴマシジミ、ウラギンヒョウモンなどといった、珍しい草原性蝶類が生息しています。また、小田貫湿原や田貫湖には、アオイトトンボやルリボシヤンマなどのトンボ類が見られます。
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